Hola
la diferencia principal esta en:
-músculos estabilizadores
-patrón de movimiento
en los primero al estar guiado el movimiento no es necesaria una cordinación neurouscular tan importante como con el peso libre,eso si buscamos un trabajo global es una desventaja mientras que si lo hacemos para "aislar" podria ser interesante
en el caso del patrón de movimiento es donde veo mas problema,la multi te obliga a adpartate a ella ya que la barra va siempre recta,en un ejercicio como sentadillas puede obliganos a adoptar una postura que no se favorezca nuestras palancas,lo que en un caso extremo prodia desembocar en desbalances o lesiones.
resumiendo en una rutina con fines de hipertrofia algunos ejercicio en multi pueden ser muy utilies,pero no para sustituir al peso libre si no como complemento