Artikel: Proteinstoffwechsel - Teil 2
Die Proteinverdauung beginnt im sauren Milieu des Magens. Die im Magensaft inaktiven Enzymvorstufen (Pepsinogene) werden unter Einwirkung der Salzsäure bei einem pH von 2 - 4 in das aktive Verdauungsenzym Pepsin umgewandelt. Diese endogene Protease spaltet die Nahrungsproteine in länger Bruchstücke (Polypeptide und Oligopeptide).
Der Eiweiß-teilverdaute Speisebrei wird aus dem Magen, der als Reservoir dient, in regelmäßigen Abständen portionsweise in den Dünndarm weitergeleitet, wo die Verdauung durch die alkalischen Enzyme der Bauchspeicheldrüse (Pancreas) vervollständigt wird, indem die im Magen entstandenen Poly- und Oligosaccharide durch die Enzyme Trypsin und Chymotrypsin weiter aufgespaltet und schließlich die aufgeschlüsselten Nährstoffe in Form von freien Aminosäuren, Di- und Tripeptiden resorbiert werden. Dieser Vorgang ist nach ca. drei Stunden zu ca. 75% abgeschlossen, der "Rest" braucht etwas länger, was v.a. damit zusammenhängt, dass oflanzliche Proteine nicht so leicht bzw. schnell resorbiert werden können wie tierische.
Auch wenn der Großteil der Verdauungs- und Resorptionsarbeit von Proteinen nur drei Stunden dauert, heißt das nicht, dass man als Sportler alle drei Stunden Protein zuführen muss, denn es besteht trotzdem immer ein gleichmäßiger Blutspiegel an AS (s.u.), der die Versorgung der Muskulatur gewährleistet und somit den AS-Pool nie "leer" werden lässt. Abgesehen davon finden Verdauung, Resorption und Verwertung der Nahrung praktisch rund um die Uhr statt, auch bei konventioneller Ernährung: Der Mensch ist ein "postprandiales Wesen" (post=nach, prandial=das Essen betreffend bzw. während der Mahlzeit) und eigentlich nie wirklich nüchtern! Auch die übliche Nachtruhe ist zu kurz, um ein "Aushungern" des Organismus zu bewirken (Das Provozieren einer extremen katabolen Stoffwechselsituation wie bei "Nulldiät" und "Heilfasten" ist medizinisch abzulehnen und sollte im Sport ohnehin kein Thema kein).
Unter normalen physiologischen Bedingungen wird Muskeleiweiß nicht zur Energiegewinnung herangezogen. Mit anderen Worten, die Befürchtung vieler Athleten, ihre aufgebaute Muskelmasse wieder zu "verlieren", wenn sie nicht eine bestimmte Ernährung befolgen, ist unbegründet. Im Gegenteil, gerade in der Zeit zwischen den Trainingseinheiten, also in der Regenerationsphase, erfolgt die Superkompensation, sprich nicht nur die Kompensation der bei intensivem Training bedingten vorübergehenden katabolen Stoffwechselsituation, sondern eine anabole Reaktion sogar darüber hinaus als physiologische Adaptation auf den gesetzten Trainingsreiz. Diese Superkompensation bedeutet u.a. auch eine Proteinneusynthese und somit Muskelaufbau, der auch bei konventioneller Nahrungszufuhr gewährleistet wird.
Für eine Muskelhypertrophie ist in erster Linie das Setzen entsprechend effektiver Trainingsreize entscheidend, die Ernährung hat nur unterstützende Wirkung. Somit darf ihre Bedeutung nicht überbewertet werden, wie es erfahrungsgemäss im Bodybuilding der Fall ist.